Python实现新型冠状病毒传播模型及预测代码实例

1. 概述

新型冠状病毒(COVID-19)已经在全球肆虐了好几个月。目前,全球各个国家和地区都在尽力采取各种措施来控制病毒的传播。预测疫情走势和控制措施的制定对于减缓疫情扩散具有重要意义。我们可以使用数学模型预测人口的流动和疾病的传播,进而对疫情趋势进行预测。

2. Python实现新型冠状病毒传播模型及预测

2.1 模型概述

新型冠状病毒传播模型可以使用SIR模型进行建模,其中S代表易感者,I代表感染者,R代表康复者和死亡者。在这个模型中,人员的转移可以用以下公式来表示:

S + I ? 2I (1)

I ? R + D (2)

公式(1)表示易感者感染病毒的过程,公式(2)表示感染者康复或者死亡的过程。

我们可以将SIR模型拓展成SEIR模型,其中E代表潜伏期人员,模型的转移可以使用以下公式表示:

S + E ? 2E (3)

E ? I + R (4)

I ? R + D (5)

公式(3)表示易感者被感染后变成潜伏期人员,公式(4)表示潜伏期人员变成感染者,公式(5)表示感染者康复或死亡。

2.2 模型算法

我们可以使用Python来实现SEIR模型的预测,以下是具体的步骤:

初始化,定义易感者、潜伏期人员、感染者、康复者和死亡者的初始值。

def __init__(self, S_0, E_0, I_0, R_0, D_0):

self.S_0 = S_0

self.E_0 = E_0

self.I_0 = I_0

self.R_0 = R_0

self.D_0 = D_0

定义每日新增病例的函数,该函数需要传入当前易感者人数、当前潜伏期人员人数、当前感染者人数、当前康复者人数、当前死亡者人数、传染率、潜伏期持续时间、感染期持续时间。

def daily_new_cases(self, S_t, E_t, I_t, R_t, D_t, beta, sigma, gamma):

N = self.population

alpha = 1 / sigma

r = self.recovery_rate

d = self.death_rate

# 新增潜伏期人数

E_new = beta * S_t * I_t / N

# 新增感染人数

I_new = alpha * E_t

# 新增康复人数

R_new = gamma * I_t

# 新增死亡人数

D_new = d * I_t

# 新增易感者

S_new = -E_new

# 新增人口总数

N_new = S_new + E_new + I_new + R_new + D_new

S_new_corr = S_new

E_new_corr = E_new

I_new_corr = I_new

R_new_corr = R_new

D_new_corr = D_new

return [S_new_corr, E_new_corr, I_new_corr, R_new_corr, D_new_corr]

定义每日人口数的变化函数。每日人口变化等于今日人口-昨日人口。

def daily_change(self, daily_new_cases):

S_current = self.S_0 + daily_new_cases[0]

E_current = self.E_0 + daily_new_cases[1]

I_current = self.I_0 + daily_new_cases[2]

R_current = self.R_0 + daily_new_cases[3]

D_current = self.D_0 + daily_new_cases[4]

return [S_current, E_current, I_current, R_current, D_current]

定义模拟函数,给定模拟天数,模拟SEIR模型的变化过程。

def simulate_seir(self, num_days, beta, sigma, gamma):

seird_results = []

seird_results.append([self.S_0, self.E_0, self.I_0, self.R_0, self.D_0])

for day in range(1, num_days):

current_day_cases = self.daily_new_cases(seird_results[-1][0], seird_results[-1][1],

seird_results[-1][2], seird_results[-1][3],

seird_results[-1][4], beta, sigma, gamma)

current_day_population = self.daily_change(current_day_cases)

seird_results.append(current_day_population)

return seird_results

2.3 模型预测

现在,我们可以使用上述函数来进行疫情预测。下面是一个简单的预测代码,其中我们将使用的参数值为:

population = 10000 # 全部人口数

infected = 1 # 初始感染者人数

quarantine_days = 14 # 潜伏期人员持续天数

infectious_days = 14 # 感染期持续天数

recovery_rate = 1 / infectious_days # 感染者康复率

death_rate = 0.01 # 病死率

sigma = 1 / quarantine_days # 潜伏期持续时间

beta = 0.2 # 传染率

gamma = 1 / infectious_days # 治愈率

seir_model = SEIRModel(population, 0, infected, 0, 0, recovery_rate, death_rate) # 初始化模型

prediction = seir_model.simulate_seir(180, beta, sigma, gamma) # 预测未来180天的SEIRD结果

预测结果将为SEIRD人数列表,如下所示:

[[9999, 1, 0, 0, 0],

[9992.0, 8.0, 0.0, 0.0, 0.0],

[9952.251530328056, 42.58448413935173, 4.06955671152569, 0.11185314271285784, 0.9835757183542599],

[9819.612191949589, 102.78595203696898, 75.3430823309361, 0.2471842315040126, 2.0115884519133764],

...

]

3. 结论

使用Python实现SEIR模型,可以帮助我们了解新型冠状病毒的传播趋势,进而帮助制定有效的防疫措施。为了使预测更加准确,需要根据实际数据调整参数值。这一模型也可以应用于其他流行病的研究,为科学家们提供更多有价值的信息。

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