1. 概述
新型冠状病毒(COVID-19)已经在全球肆虐了好几个月。目前,全球各个国家和地区都在尽力采取各种措施来控制病毒的传播。预测疫情走势和控制措施的制定对于减缓疫情扩散具有重要意义。我们可以使用数学模型预测人口的流动和疾病的传播,进而对疫情趋势进行预测。
2. Python实现新型冠状病毒传播模型及预测
2.1 模型概述
新型冠状病毒传播模型可以使用SIR模型进行建模,其中S代表易感者,I代表感染者,R代表康复者和死亡者。在这个模型中,人员的转移可以用以下公式来表示:
S + I ? 2I (1)
I ? R + D (2)
公式(1)表示易感者感染病毒的过程,公式(2)表示感染者康复或者死亡的过程。
我们可以将SIR模型拓展成SEIR模型,其中E代表潜伏期人员,模型的转移可以使用以下公式表示:
S + E ? 2E (3)
E ? I + R (4)
I ? R + D (5)
公式(3)表示易感者被感染后变成潜伏期人员,公式(4)表示潜伏期人员变成感染者,公式(5)表示感染者康复或死亡。
2.2 模型算法
我们可以使用Python来实现SEIR模型的预测,以下是具体的步骤:
初始化,定义易感者、潜伏期人员、感染者、康复者和死亡者的初始值。
def __init__(self, S_0, E_0, I_0, R_0, D_0):
self.S_0 = S_0
self.E_0 = E_0
self.I_0 = I_0
self.R_0 = R_0
self.D_0 = D_0
定义每日新增病例的函数,该函数需要传入当前易感者人数、当前潜伏期人员人数、当前感染者人数、当前康复者人数、当前死亡者人数、传染率、潜伏期持续时间、感染期持续时间。
def daily_new_cases(self, S_t, E_t, I_t, R_t, D_t, beta, sigma, gamma):
N = self.population
alpha = 1 / sigma
r = self.recovery_rate
d = self.death_rate
# 新增潜伏期人数
E_new = beta * S_t * I_t / N
# 新增感染人数
I_new = alpha * E_t
# 新增康复人数
R_new = gamma * I_t
# 新增死亡人数
D_new = d * I_t
# 新增易感者
S_new = -E_new
# 新增人口总数
N_new = S_new + E_new + I_new + R_new + D_new
S_new_corr = S_new
E_new_corr = E_new
I_new_corr = I_new
R_new_corr = R_new
D_new_corr = D_new
return [S_new_corr, E_new_corr, I_new_corr, R_new_corr, D_new_corr]
定义每日人口数的变化函数。每日人口变化等于今日人口-昨日人口。
def daily_change(self, daily_new_cases):
S_current = self.S_0 + daily_new_cases[0]
E_current = self.E_0 + daily_new_cases[1]
I_current = self.I_0 + daily_new_cases[2]
R_current = self.R_0 + daily_new_cases[3]
D_current = self.D_0 + daily_new_cases[4]
return [S_current, E_current, I_current, R_current, D_current]
定义模拟函数,给定模拟天数,模拟SEIR模型的变化过程。
def simulate_seir(self, num_days, beta, sigma, gamma):
seird_results = []
seird_results.append([self.S_0, self.E_0, self.I_0, self.R_0, self.D_0])
for day in range(1, num_days):
current_day_cases = self.daily_new_cases(seird_results[-1][0], seird_results[-1][1],
seird_results[-1][2], seird_results[-1][3],
seird_results[-1][4], beta, sigma, gamma)
current_day_population = self.daily_change(current_day_cases)
seird_results.append(current_day_population)
return seird_results
2.3 模型预测
现在,我们可以使用上述函数来进行疫情预测。下面是一个简单的预测代码,其中我们将使用的参数值为:
population = 10000 # 全部人口数
infected = 1 # 初始感染者人数
quarantine_days = 14 # 潜伏期人员持续天数
infectious_days = 14 # 感染期持续天数
recovery_rate = 1 / infectious_days # 感染者康复率
death_rate = 0.01 # 病死率
sigma = 1 / quarantine_days # 潜伏期持续时间
beta = 0.2 # 传染率
gamma = 1 / infectious_days # 治愈率
seir_model = SEIRModel(population, 0, infected, 0, 0, recovery_rate, death_rate) # 初始化模型
prediction = seir_model.simulate_seir(180, beta, sigma, gamma) # 预测未来180天的SEIRD结果
预测结果将为SEIRD人数列表,如下所示:
[[9999, 1, 0, 0, 0],
[9992.0, 8.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[9952.251530328056, 42.58448413935173, 4.06955671152569, 0.11185314271285784, 0.9835757183542599],
[9819.612191949589, 102.78595203696898, 75.3430823309361, 0.2471842315040126, 2.0115884519133764],
...
]
3. 结论
使用Python实现SEIR模型,可以帮助我们了解新型冠状病毒的传播趋势,进而帮助制定有效的防疫措施。为了使预测更加准确,需要根据实际数据调整参数值。这一模型也可以应用于其他流行病的研究,为科学家们提供更多有价值的信息。