1. 前言
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是生物信息学领域中常用的序列比对工具，用于比对DNA、RNA和蛋白质序列，以寻找相似性和同源性。BLAST的安装对于研究者和生物信息学爱好者来说是必不可少的一步。本文将详细介绍如何在Linux系统上安装BLAST，旨在为用户提供快速、容易、便捷的安装方法。
2. 安装前准备
在开始安装BLAST之前，确保您的系统已经安装了以下软件和依赖项：
1. Linux操作系统（本文以Ubuntu 18.04为例）
2. GNU make
3. GCC编译器
4. Perl解释器
5. NCBI C++ Toolkit
请根据您的操作系统版本和发行版使用相应的包管理工具进行安装。以下是在Ubuntu上安装以上依赖项的示例命令：
sudo apt update
sudo apt install build-essential
sudo apt install make
sudo apt install gcc
sudo apt install perl
sudo apt install ncbi-c++-toolkit
3. 下载BLAST
首先，访问NCBI的BLAST下载页面（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）并选择您需要安装的BLAST版本。根据您的系统架构，选择合适的下载链接进行下载。选择最新版本并确保选取与您的系统兼容的版本。
在本文中，我们将下载并安装最新版本的BLAST+（BLAST command line applications），该版本包含了多个命令行工具，适用于大多数用户的需求。
打开终端，使用wget命令下载BLAST压缩文件。以下是一个示例命令：
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
4. 解压和安装
解压下载的BLAST压缩文件。您可以使用以下命令进行解压：
tar -xvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
解压后，您将得到一个包含BLAST可执行文件的目录。进入该目录：
cd ncbi-blast-2.12.0+
接下来，使用GNU make工具进行编译和安装。运行以下命令：
./configure
make
sudo make install
上述步骤将编译和安装BLAST到系统中，默认安装路径为/usr/local/ncbi/blast。您可以根据需要修改安装路径。
5. 配置环境变量
为了能够方便地在终端中直接使用BLAST命令，您需要将BLAST的可执行文件的路径添加到系统的环境变量中。
打开您的终端配置文件（例如~/.bashrc或~/.bash_profile），在末尾添加以下行：
export PATH="/usr/local/ncbi/blast/bin:$PATH"
保存文件并退出。然后，运行以下命令使修改生效：
source ~/.bashrc
现在，您可以在终端中直接使用BLAST命令了。
6. 验证安装
安装完成后，可以使用以下命令验证BLAST是否成功安装：
blastn -version
如果安装成功，您将看到BLAST的版本信息。
至此，您已经成功在Linux系统上安装了BLAST。现在您可以开始使用BLAST进行序列比对和相关的生物信息学研究了。
总结
本文中详细介绍了在Linux系统上安装BLAST的步骤，包括准备工作、下载、解压和安装、配置环境变量以及验证安装。通过按照本文提供的步骤进行操作，用户可以快速、容易、便捷地安装BLAST，并且开始进行生物信息学研究和序列比对。希望本文对您有所帮助，祝您在BLAST的世界里取得成功！