1. Sambamba简介
Sambamba是一个加速SAM/BAM文件的处理的工具包，支持排序、索引和统计。Sambamba具有强大的多线程支持和高度优化的算法，因此可以处理大量的SAM/BAM数据。
2. Sambamba的安装
2.1 安装依赖库
在安装Sambamba之前，需要安装一些依赖库。这里我们以Ubuntu为例，使用下面的命令来安装依赖库。
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential \
autoconf \
apt-utils \
libtool \
libbz2-dev \
liblzma-dev \
libcurl4-gnutls-dev \
libssl-dev
2.2 下载和编译Sambamba
Sambamba可以从官方网站下载。这里我们以Sambamba v0.7.1为例，使用以下命令将其下载与编译。
wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.1/sambamba_v0.7.1_linux.tar.bz2
tar -xjf sambamba_v0.7.1_linux.tar.bz2
cd sambamba_v0.7.1
./sambamba-0.7.1-linux-static --help
如果一切顺利，Sambamba将会编译成功并且显示帮助信息。
3. Sambamba的使用
3.1 常见的SAM/BAM文件处理
Sambamba可以用来排序、索引、统计和过滤SAM/BAM文件。以下是一些常见的使用示例。
如需要对SAM/BAM文件进行排序，可以使用以下命令：
./sambamba sort input.bam -o output.bam
如果需要建立索引，可以使用以下命令：
./sambamba index input.bam -t 4
要对SAM/BAM文件进行统计，可以使用以下命令：
./sambamba flagstat input.bam
如果需要过滤SAM/BAM文件，可以使用以下命令：
./sambamba view -f bam -F "mapping_quality >= 30 and not unmapped" input.bam > output.bam
3.2 并行处理SAM/BAM文件
Sambamba是一个高度并行化的工具，可以在多个CPU核心上并行处理SAM/BAM文件，从而提高处理速度。要使用Sambamba的多线程功能，可以使用以下命令：
./sambamba sort input.bam -o output.bam -t 8
上面的例子中，我们使用了8个CPU核心来并行处理SAM/BAM文件。简单易懂的多线程编程模型是Sambamba的一大特点。
3.3 并行处理大型SAM/BAM文件
对于大型的SAM/BAM文件，Sambamba支持并行处理和分片处理功能，以便更快地处理这些文件。要使用Sambamba的分片处理功能，可以使用以下命令：
./sambamba slice input.bam -n 10 | ./sambamba sort -o output.bam /dev/stdin -t 8
上面的例子中，我们使用10个分片来对SAM/BAM文件进行并行处理。通过使用分片处理，Sambamba可以更好地发挥多核心CPU的处理能力，并且可以更快地处理大型SAM/BAM文件。
4. 小结
本文介绍了如何在ambaLinux下安装和使用Sambamba，包括安装依赖库、下载和编译Sambamba、常见的SAM/BAM文件处理、并行处理SAM/BAM文件和并行处理大型SAM/BAM文件。Sambamba是一个功能强大、高度优化、加速SAM/BAM文件处理的工具包，是生物信息学领域必不可少的工具之一。