1. 什么是qsub？
qsub是一个在Linux上用于作业调度的命令行工具。它允许用户将任务提交到计算集群上进行并行计算，并且可以自动将任务分发到集群中的不同节点上。使用qsub，用户可以方便地管理和调度大规模的计算任务，提高计算效率。
2. qsub的基本用法
2.1 提交一个简单的任务
要提交一个任务，只需在终端中使用qsub命令，后跟要执行的命令或脚本的路径。例如，要提交一个名为"myjob.sh"的脚本，可以使用以下命令：
qsub myjob.shqsub会将任务添加到作业队列中，并返回一个唯一的作业ID。可以使用qstat命令来查看作业的状态和进度。
2.2 控制任务的资源和优先级
通过qsub命令的一些选项，可以控制任务的资源使用和优先级。例如，可以使用"-l nodes=2"选项指定任务需要使用两个计算节点：
qsub -l nodes=2 myjob.sh还可以使用"-l walltime=00:30:00"选项指定任务的最长执行时间为30分钟。这有助于避免任务长时间占用集群资源。
2.3 等待任务完成并获取结果
qsub命令默认是非阻塞的，即会立即返回作业ID而不等待任务完成。如果希望等待任务完成并获取结果，可以使用"-sync y"选项：
qsub -sync y myjob.sh这将导致qsub命令在任务完成后才返回，并且任务的输出结果会直接显示在终端中。
3. 使用qsub进行作业调度
3.1 创建作业脚本
在使用qsub进行作业调度时，通常需要将任务逻辑和执行命令封装在一个脚本中。这个脚本可以是任何可执行的文件，例如Bash脚本、Python脚本等。
下面是一个示例的作业脚本"myjob.sh"：
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2
#PBS -l walltime=00:30:00
cd /path/to/my/job
# 执行任务命令
python mytask.py
在这个脚本中，我们首先使用了PBS语法（Portable Batch System）在脚本首部添加了两行注释。这些注释告诉作业调度系统需要为任务分配2个计算节点，并限制任务的执行时间为30分钟。
接下来，我们切换到作业的工作目录，然后执行我们的任务命令"python mytask.py"。
3.2 提交作业
当我们完成了作业脚本的创建后，就可以使用qsub命令来提交作业了。只需要将脚本文件名作为qsub命令的参数即可：
qsub myjob.sh之后，qsub会将作业添加到集群的作业队列中，并返回一个唯一的作业ID。可以使用qstat命令来查看作业的状态和进度。
4. 调优qsub任务
4.1 并行任务调度
要使用qsub实现并行任务调度，可以在作业脚本中添加适当的并行指令。例如，如果使用的是OpenMP并行编程模型，可以通过设置OMP_NUM_THREADS环境变量来控制线程数：
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2
#PBS -l walltime=00:30:00
cd /path/to/my/job
# 设置线程数为4
export OMP_NUM_THREADS=4
# 执行并行任务命令
./mytask
这样，作业调度系统会将任务分发到两个计算节点上，并在每个节点上启动4个线程来执行任务。
4.2 调整任务优先级
在某些情况下，我们可能希望调整任务的优先级，以便更快地获得计算资源。可以使用"-p"选项来指定任务的优先级，值越小表示优先级越高。例如：
qsub -p -1024 myjob.sh这将把任务的优先级设置为-1024。请注意，这个值的具体范围可能因集群配置而有所不同，建议根据实际情况进行调整。
5. 结论
qsub是一个强大的作业调度工具，可以大大简化在Linux上进行作业调度的过程。通过使用qsub，用户可以方便地管理和调度大规模的计算任务，提高计算效率。本文介绍了qsub的基本用法、作业调度和优化技巧，希望对读者在使用qsub进行作业调度时有所帮助。